El Museo Carlos Darwin cuenta con una amplia sala para exposiciones permanentes y un sector lateral para muestras temporarias. Las tareas de preparación y reparación de fósiles se ejecutan en un laboratorio preparado para estos fines. A fin de cumplir como sitio de custodia del patrimonio, el museo cuenta con un amplio depósito equipado para resguardar las colecciones. El mismo fue construido con parte de los fondos recibidos del Premio Rolex a la Iniciativa 2.004. Además, posee tres oficinas orientadas a tareas administrativas y trabajos de gabinete en general y un entrepiso de “usos múltiples”, proyectado como sala de conferencias.